全新投入使用的图书馆，是临床医学院运河新城校区一期建设的重点工程，总建筑面积3.4万平方米，共计10层。图书馆使用1-7楼。全馆规划130万册馆藏容量，目前全馆资源68万，其中电子图书19万册，同时共享15个安徽省高校数字图书馆资源。全馆可提供4000个阅览、自习座位。
1楼，主要功能室包含新书加工采编室、可藏书50万册的密集书库、学院信息中心以及一座可容纳660座的小礼堂。图书馆定期在小礼堂举办读书报告会。
2-7楼，是藏书、阅览、自习、研讨交流的主要空间。采用大开间、全流通、全方位服务管理模式，馆内建有阅读盒子、导师工作室、智慧教学互动空间、咖啡吧等。配备了各类型沙发桌椅，给读者以全新体验。其中，2楼设有咨询服务台、自助检索机、自助借还设备、自助存包柜、座位预约机，为读者提供一站式服务。3-7楼是集阅览、自习、研讨、休闲阅读于一体的空间。其中4、5层的阅读盒子为图书馆特色区域，给读者独立、温馨的阅读体验；6层是交流体验中心，设有导师工作室、智慧教学互动空间、电子阅览室、录播教室、信息素养教育区等供校内师生交流、学习、创新使用。
目前图书馆已经成为学院师生学习、科研、交流、研讨、开展活动的重要阵地，也是老师和学生利用率高、非常喜爱的学习和工作场所。

高质量服务师生教学科研需求，赋能医学院教育事业高质量发展，全力将图书馆打造成为学院阅读、学习研究、座谈研讨、咨询服务、对外交流和文化活动中心是全体图书馆工作人员追求的目标。